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Showing posts from April, 2012

[club] Méthode "masked seeds" et motifs de protéines

Bonjour, Cette semaine au club de lecture, Sébastien Boisvert présentera deux articles (15 minutes de présentation par article). Le premier, publié en 2002 dans Bioinformatics et cité 546 fois, présente les "masked seeds" pour améliorer l'indexage pour les alignements. Ce principe est utilisé dans le logiciel Eland d'Illumina, le logiciel Maq de Heng Li et beaucoup d'autres outils importants actuels. Bin Ma, John Tromp and Ming Li PatternHunter: faster and more sensitive homology search Bioinformatics (2002) 18 (3): 440-445. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/18/3/440 Le deuxième est paru en 2003 dans Nature Genetics et écrit par le groupe de Albert-László Barabási. Cet article, qui est cité 290 fois, montre empiriquement que le graphe d'interactions protéine-protéine chez une levure contient beaucoup de motifs topologiques. Albert-László Barabási est un des fondateurs de la science des réseaux. S. Wuchty, Z. N. Oltvai, A.-L. Barabá…

8 reviews about de novo genome assembly

1.
Monya Baker (Editor at Nature) De novo genome assembly: what every biologist should know Nature Methods 9, 333–337 (2012) doi:10.1038/nmeth.1935 http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n4/full/nmeth.1935.html
2.
Paul Flicek & Ewan Birney (European Bioinformatics Institute) Sense from sequence reads: methods for alignment and assembly Nature Methods 6, S6 - S12 (2009)  http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n11s/full/nmeth.1376.html
3.
Mihai Pop (Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland) Genome assembly reborn: recent computational challenges Brief Bioinform (2009) doi: 10.1093/bib/bbp026 http://bib.oxfordjournals.org/content/early/2009/05/29/bib.bbp026.full
4.
Ewan Birney (European Bioinformatics Institute) Assemblies: the good, the bad, the ugly Nature Methods 8, 59–60 (2011) doi:10.1038/nmeth0111-59 http://www.nature.com/nmeth/journal/v8/n1/abs/nmeth0111-59.html
5.
Jason R. Miller, Sergey Koren, and Granger Sutton (J. Craig Venter Institute) Assembly Algorithms for …

Heng Li, ingénieur computationnel

Bonjour,


Heng Li (Chine & U.S.A.), un contributeur essentiel à (liste partielle)

- SAMtools (des outils pour gérer des alignements d'ADN);
- BWA (un aligneur d'ADN populaire);
- MAQ (un des premiers aligneurs pour courtes séquences);
- TreeSoft;
- TreeFam

a reçu le prestigieux prix Benjamin Franklin 2012 pour son ouverture de
codes sources et pour ses articles à accès libre sur les outils auxquels
il a contribué.




Ce scientifique prolifique est dans la même catégorie que Fabrice
Bellard, un ingénieur français qui a créé (entre autres)

- LinusJS (un machine virtuel x86 codé en javascript qui roule Linux);
- Qemu (un environnement de virtualisation utilisant une traduction
dynamique de groupes de codes d'opération);
- FFmpeg (un décodeur/encodeur).


Heng Li et Fabrice Bellard sont les deux des scientifiques
computationnels.



Heng Li travaille présentement sur l'assemblage de novo comme façon de
trouver des variations.

Un de ses travaux sur ce sujet est disponible dans Ar…